В августе 1998 года произошло важное событие в церковной жизни Марий Эл: после 70-летнего перерыва состоялся крестный ход и возродился древний обычай православной церкви. Этот крестный ход прошел с иконой Явления Пресвятой Богородицы преподобному Сергию Радонежскому из Вознесенского собора Йошкар-Олы. Эта икона сохранилась после разорения женского монастыря в Царевококшайске. Путь лежал в килемарские леса, где весной в девяностых годах начала строиться Богородице-Сергиева пустынь. Ее окружают густые леса, а вокруг расположены торфяные болота, которые придают воде в близлежащей реке Рутка красноватый оттенок.

Пришедшие сюда монахи начали с того, что построили небольшую домовую церковь – деревянную избу с одной маковкой. Новая, недавно построенная деревянная церковь, имеет восемь куполов. При монастыре имеются несколько построек – храмы, жилые и хозяйственные здания. Все они выполнены в традиционном русском стиле деревянного зодчества, что создает атмосферу средневековой Руси.

В августе 1998 года произошло важное событие в церковной жизни Марий Эл: после 70-летнего перерыва состоялся крестный ход и возродился древний обычай православной церкви. Этот крестный ход прошел с иконой Явления Пресвятой Богородицы преподобному Сергию Радонежскому из Вознесенского собора Йошкар-Олы. Эта икона сохранилась после разорения женского монастыря в Царевококшайске.

Монастырь имеет питомник, в котором выращиваются редкие растения для Марий Эл. Среди них есть саженцы хвойных деревьев, таких как голубая и канадская ель, кедр и туя, а розы цветут даже осенью. После того как растения подрастут, их высаживают на территории монастыря. Всего в монастыре проживает около 20 монахов вместе с архимандритом. Они бодрствуют с 2 часов ночи до 11 часов вечера, спят 3-4 часа. Днем и ночью монахи молятся и выполняют свои обязанности, которые называются «послушаниями».

Монахи из Богородице-Сергиевской пустыни также занимаются и переводческой деятельностью. Они переводят с греческого языка на русский книги афонских авторов, многие из которых имеют высшее образование и жили в Греции. Это свидетельствует о том, что монастырь не только стал духовным центром православной жизни в Марий Эл, но и важным центром переводческой деятельности, продолжая традиции святых обителей Руси, которые служили центрами просвещения. В настоящее время в монастыре проживают 8 монахов во главе с архимандритом Давидом.
Главной святыней Богородице-Сергиевской пустыни является икона Явления Пресвятой Богородицы преподобному Сергию Радонежскому. В монастыре также хранятся чудотворные иконы Владимирской Божьей Матери, Усекновения главы Иоанна Предтечи и Иверская икона Божьей Матери, написанная на Афоне в 1905 году.

Монастырь привлекает паломников со всей страны и из-за ее пределов возможностью поклониться мощам святителя Нектария Эгинского и преподобного Сергия, а также множеству других святых реликвий, привезенных из разных уголков мира.